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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Recherche reproductible, git, Rstudio, mini-projets

Par mesure de prévention contre la propagation du CoVid-19, l'atelier est annulé. Les organisateurs vous proposeront une nouvelle session quand l'épidémie sera passée. Merci.

 

Atelier "Recherche reproductible"

Mercredi 25 mars 2020

UMR Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon
Ferme du Moulon, Gif-sur-Yvette
Plateau de Saclay

Toute recherche scientifique implique, à un moment ou à un autre, de la collecte de données à la lumière d'une théorie scientifique, suivie de l'analyse de ces données. En pratique, nous saisissons les données brutes dans un ordinateur et utilisons un logiciel pour ajuster un modèle statistique. Mais très vite, nous changeons de modèle, ajoutons une étape de prétraitement, collectons davantage de données, partageons notre travail en cours avec un étudiant du bureau voisin ou avec un collaborateur à l'étranger, etc. Et dans un projet de recherche réaliste, nous faisons cela encore, et encore, et encore...

De telles modifications des données et des différentes étapes de leur analyse sont sources d'erreur, et potentiellement d'incohérences entre les résultats trouvés par les différents participants d'un même projet de recherche. Dans ce contexte, nous voulons généralement garder une trace de ce que nous faisons et, mieux encore, de ce que font nos étudiants et collaborateurs. Nous aimerions également mieux comprendre ce que les autres équipes ont fait dans leur article récemment publié et, pourquoi pas, appliquer leur code sur nos données ou même combiner leurs données avec les nôtres. Tout ceci n'est possible de manière réaliste QUE si la recherche est reproductible, c'est-à-dire si les données et le code ayant permis de les analyser sont disponibles et utilisables par d'autres.

Cet atelier a pour objectif de vous former à quelques outils qui vous permettront de conduire vos recherches de manière reproductible (R, RStudio et git).

>>> L'atelier sera en français.